Cell | 建立人类树突状细胞会与辅助性T细胞会相互作用模型

巨噬细胞-巨噬细胞化学键异常十分复杂，涵括大量分子与讯号渠道，学界钻研多年，仍旧是管中的窥豹。来自法国巴黎PSL研究大学的Vassili Soumelis团队于在Cell杂志上刊登二本书A Quantitative Multivariate Model of Human DendriticCell-T Helper Cell Communication的文章，创设了物理与概念相结合的研究工具，物理上，在蛋白质水平检测了巨噬细胞所肠道的巨噬细胞因子与应激反应；概念上，创设了讯号输入驱动密切关系的联系和化学键亲密关系。译者以人类文明树突状巨噬细胞（Dendritic cell，前身DC）与；也T巨噬细胞（T Helper cell，前身Th）密切关系的化学键为研究对象，分析了36实有DC之外的讯号分子和17种Th肠道的巨噬细胞因子，并倚靠这些原始数据创设数学基本概念，演算出56种已经被物理猜测的巨噬细胞互不亲密关系，与此同时，还猜测出290种可能亲密关系，并猜测了IL-12p70可以通过IL-1讯号渠道游离17型；也T巨噬细胞（前身Th17）。首先，译者采集了人类文明单核巨噬细胞来源的DC（MoDCs）和水肿血液循环CD11c+DC（bDCs）两类巨噬细胞，并诱因24小时。所使用的诱因讯号主要包含三大类总共14种。第一种：内源讯号分子，都有干扰素beta（interferon β，前身IFN-β），GM-CSF， TSLP和 PGE2；第二种：Toll样肽的半胱氨酸，都有Toll4肽的低剂量脂多糖（ lipopolysaccharide，前身LPS），Toll1/2肽低剂量PAM3CSK4，Dectin1低剂量Curdlan，Toll2/Dectin1低剂量 zymosan，Toll7/8肽低剂量R848，Toll3肽低剂量 poly(I：C) 和NLRP3呼吸道小本体活化剂铝钾；第三种：细菌病毒，都有室温灭活的Candida albicans （前身HKCA），布鲁日菌（Listeria monocytogenes，前身HKLM），Staphylococcus aureus （前身HKSA）， Streptococcus pneumoniae （前身HKSP）和病毒（influenza virus，前身flu）。接留下来，译者通过流式巨噬细胞术等工具，检测了36种DC之外分子的强调具本体情况，其中的，29种处于巨噬细胞表面，7种处于巨噬细胞肠道上清初之中的。结果显示，除了一些可知的DC巨噬细胞鼓动之外，译者还有了一些在此之后挖掘出：（1）zymosan诱因的MoDCs 强调高水准的CD54 和PVR；（2）病毒诱因的MoDCs可以游离ICOSL；（3）LPS诱因的MoDCs 可以游离高水准的CD30L和CD83。再留下来，译者将这些诱因过的DC与T巨噬细胞粗略估计6天，随后检测Th的转化效率以及17种Th之外巨噬细胞因子的强调肠道具本体情况。有趣的是，译者将Th和DC的表现互不比较，挖掘出，这间有并不假定也就是说的亲密关系，反之亦然，两种诱因物对DC造成的功效类似，但是，这两种诱因物所解决问题的DC与T巨噬细胞粗略估计之后，造成的功效很可以异于。接着，译者使用生物信息学的工具，以上述物理原始数据创设基本概念。简单来说，译者区域性DC驱动的36种讯号分子和Th驱动的17种效应分子，将两两密切关系的亲密关系简化为“可借调控”和“对人调控”两种，并且，还转到原始数据库和已刊登文献中的的信息，创设了十分复杂的讯号调控网路。实有如，通过这一基本概念，译者挖掘出， IL-10的对人调控分子都有OX40L， 4-1BBL， IL-12， TNF-α， CD58， VISTA，Galectin-3， CD80， CD29， IL-1， ICAM-3， SLAMF3， IL-28a和CD83，而可借调控分子都有Jagged-2， PDL1， IL-10， CD11a， HLA-DR， ICOSL， CD100， CD30L， CD18， ICAM-2和CD86，这样，给予DC不同的诱因讯号，译者就可以推断出Th鼓动巨噬细胞IL-10的强调肠道具本体情况。最后，译者利用这样基本概念，试由此可知猜测并猜测在此之后巨噬细胞互不亲密关系。通过创设的基本概念，译者挖掘出，IL-12在与IL-1， ICAM-2或者Jagged-2共同肠道时，极端于调控IL-17F，而与CD70， IL-23或者 LIGHT 共同出现时，则更是极端于调控IL-17A。另外，敲除IL-12，IL-17A和IL-17F的强调水平都显着增高。这些结果说明，IL-12参予Th17的游离分化。为了进一步探讨IL-12游离Th17的系统，译者使用本体外游离Th的基本概念，挖掘出，IL-12并不能反之亦然游离Th17，但是，同时转到IL-1和IL-12，Th17就游离出来了。这是一篇物理与概念相结合的散文。物理结果与近似值仿真互不支持，互不聘请，相辅相成。如下由此可知所示，物理部分使用了密切联系两部分原始数据，一是何种诱因下DC巨噬细胞的鼓动，二是鼓动后的DC对T巨噬细胞的作用。概念部分以DC和T巨噬细胞的驱动巨噬细胞因子为核心，创设了巨噬细胞因子密切关系的可借和对人调控网路基本概念。通过这一基本概念，译者预测出一些在此之后巨噬细胞间互不亲密关系，就此再用物理猜测这些亲密关系是否属实。这篇文章的令人难忘有两处，一是创设和物理概念相结合研究的独创，二是文章中的提供的诸多巨噬细胞调控信息以供研究参看。原始记事：Grandclaudon M1, Perrot-Dockès M2, Trichot C1, et al.A Quantitative Multivariate Model of Human Dendritic Cell-T Helper Cell Communication.Cell. 2019 Oct 3;179(2):432-447.e21. doi: 10.1016/j.cell.2019.09.012.